DNAの二重らせんをモデリングしてみました。
DNAの二重らせんについて特長を調べたところ、以下のことが解りました。
インターネットで調べてみたところ、長さの単位をナノメートル(nm)で書いている方と、オングストローム(Å)で書いている方がいらっしゃいました。多数決では、Åの方が多かったような……。
エンジニアとしては、非SIのÅは看過できないのですが、昔、大学の研究室に入りたての頃、ごく短い期間Åを使っていた期間が有って、懐かしく感じました。ですので、本ページでは、Åを使います。
物質によって多少の差はありますが、原子の半径はおよそ1〜2Å程度なので、100Åの中には大体50個ほどの原子が並んでいる計算となります。蒸着なりスパッタなりで、1,000Åの薄膜を形成したなら、その厚さ方向には原子がざっくり500個ほど並んでいるとイメージできました。
「SI単位系を使いなさい」って言われて、過去に論文用に作成した写真などの資料を、一々Å→nm変換して作り直した記憶があります……。
1Å＝10-10m＝0.1nm
「1桁違うだけでしょ？」と、言われると、その通りなのですが、原子の数を概算する時、整数演算できるか、小数点演算になるかの違いはあります。
後ほどリンクするデータ中では、下の様にÅ単位でモデリングしましたので、
// constants
var L=34; // 1回転の長さ
var N=10; // 1回転中の塩基数
var R=20/2; // らせんの半径
データ中の"1"と言う長さは1Åを表しています。
2本のらせんの位相差が正確には解らなかったのですが、他の方の図解を見ながら、主溝と副溝の比から大体6：4くらいかな？と見積もってモデリングしています。
完成したデータをリンクしておきます。
| １） | Xi-TRACEデータ | double_helix.xitr |
以下、１）をレイトレーシングした結果完成する動画をリンクしておきます。
最初に二重らせんが伸びて行くパートと、二重らせんの内部に侵入して行くパートで構成されています。
